Indo-malajci a čínsky obchodníci obývali tieto ostrovy pred ich objavom v roku 1521 španielskym cestovateľmi pod vedením portugalského objaviteľa Ferdinanda Magellana. Súostrovie Filipín pomenovali podľa španielskeho kráľa Philipa II.

Španielski dobyvatelia zaviedli na Filipínach kresťanstvo. Videli ostrovy ako ideálne centrum pre obchod a Manilu a Cebu ako strategické obchodné prístavy. Sídlo vlády bolo spočiatku zavedené v Cebu a neskôr sa presťahovala do Manily v roku 1571. Španielska kolonizácia trvala od 16. do 19. storočia, alebo 333 rokov a bola poznačená množstvom povstaní.

Filipínci ako prví v Ázii uskutočnili nacionalistickú revolúciu v roku 1896 a získali svoju nezávislosť od Španielska 12. júna 1898.

Po Španieloch prišli Američania a predstavili ich vzdelávací a právny systém, rovnako ako ich demokratickú formu vlády. Američania vládli 48 rokov až do vypuknutia druhej svetovej vojny v roku 1941 a Filipíny boli pripojené k Japonsku na 4 roky. Americké jednotky sa vrátili a oslobodili Filipíny 4. júla 1946, a Filipíny konečne získali nezávislosť.